В 1829 г. благодаря заключению Адрианопольского договора с Турцией дельта Дуная перешла под контроль России. Дунай впадает в Чёрное море тремя основными рукавами и для контроля над всем устьем полноводной реки важен остров Змеиный.

Стратегическое значение последнего определяется также тем, что он лежит на морском пути из Северного Причерноморья к проливам Босфор и Дарданеллы.

А ещё интерес к острову был вызван тем, что он был важным культовым центром древнегреческой цивилизации.

Эллины верили, что после гибели под Троей легендарный воин Ахилл (Ахиллес) был похищен с погребального костра своей матерью — морской богиней Фетидой, уговорившей Зевса поместить сына на остров «блаженных».

Таким островом, по бытовавшим в древности представлениям, как раз и являлся нынешний Змеиный. В VI в. до н. э. здесь был воздвигнут храм ионийского ордера и сформировался культ бога-героя, покровительствовавшего мореплавателям и торговцам.

На IV — III века до н.э. пришёлся расцвет Ахиллова святилища, который посещали представители различных эллинских полисов, но патроном храма являлась Ольвия (влиятельный город на берегу Днепро-Бугского лимана). В честь Ахилла на острове устанавливались статуи, делались памятные надписи.

Во время русско-турецких войн в XVIII веке на Змеином ещё сохранялись остатки древнего святилища и другие античные артефакты.

Привлекаемые этим русские экспедиции стали посещать остров ещё до его перехода вместе с устьем Дуная под юрисдикцию Петербурга.

В 1801 г. здесь побывала специальная гидрографическая экспедиция под руководством морского офицера, первого составителя мореходной карты Чёрного Моря Ивана Будищева.

В 1823 г. прошли первые архелогические раскопки на острове и был составлен его план. Руководил данным процессом русский офицер греческого происхождения Николай Критский. Именно он идентифицировал сохранившиеся развалины как остатки храма Ахилла.

В научный оборот информацию об острове как центре культа Ахилла в 1826 г. ввел член Петербургской академии наук Егор Келер.

Критский был высокопоставленным чиновником (обер-интендантом) первой российской администрации, чья власть распространилась на Змеиный (в XIX в. он чаще именовался Фидониси). Это было Черноморское военно-морское ведомство. В 1805 г. командир Черноморского флота и портов получил также статус Николаевского и Севастопольского военного губернатора.

Территориально в ведении военного губернатора наряду с главными базами флота (городами Николаев и Севастополь) находились Херсонский и Измаильский порты, а также нескольких адмиралтейских поселений на территории Херсонской, Таврической и Екатеринославской губерний. Жители последних трудились на верфях, выполняли различные повинности в пользу флота.

Административным центром данной военно-административной единицы был Николаев. Губернатор подчинялся Морскому министерству (по военной части), а в гражданско-административных вопросах был подотчётен Министерству внутренних дел. В то же время он имел право доклада императору и Сенату.

В отношении Херсонской и Таврической губерний, а также Новороссийского наместничества военное губернаторство было независимо. А ещё губернатор являлся командующим над всеми сухопутными войсками, которые дислоцировались на вверенной ему территории.

Целями такой концентрации власти являлись максимальная мобилизация ресурсов для нужд флота, достижение наилучшего взаимодействия военных и гражданских властей.

Вообще же император Александр I, учредивший Николаевско-Севастопольское военное губернаторство, довольно часто шёл на подобные административные меры.

В 1801 г. должности военных губернаторов были введены сразу в пяти приграничных губерниях: Киевской, Подольской, Виленской, Малороссийской и Белорусской. Они являлись высшими правительственными и военными чиновниками в регионах. Важным отличием приморского Николаевско-Севастопольского губернаторства от континентальных аналогов была подчинённость не военному, а морскому министерству.

Двумя наиболее известными Николаевско-Севастопольскими губернаторами были адмиралы Алексей Грейг и Михаил Лазарев. Причём, если первый из них очень почитаем в бывшей столице военного губернаторства, то второй популярнее в былой крымской провинции Николаева.

В 1829 г., по предложению главного командира Черноморского флота и военного губернатора Грейга был принят указ «О передаче из Гражданского в Черноморское ведомство маяков на берегах Чёрного и Азовского морей устроенных». Его издание определялось необходимостью расширения сети маяков, модернизацией и удешевлением её содержания.

Этот нормативный акт предопределил, что первыми обитателями Змеиного острова в Новое время стали русские военные моряки.

Маяк на Змеином был возведён по проекту архитектора Черноморского адмиралтейского департамента Карла Акройда.

Этот англичанин поступил на русскую службу в 1827 г. и по приглашению Грейга прибыл на работу в Николаев. Самым крупным осуществлённым проектом архитектора в столице губернаторства стал комплекс старофлотских казарм на Адмиралтейской площади. Творческий стиль этого зодчего в 30 — 40-е годы XIX в. эксперты характеризуют как «изысканный и лаконичный поздний классицизм».

Огонь на маяке впервые зажгли осенью 1842 г. — в этом году исполняется ровно 180 лет с этого дня. Здание, ставшее современным символом острова, представляет собой восьмигранную башню высотой 12 метров со стеклянным фонарём вверху. Башню воздвигли на самом высоком месте Змеиного и совместили с жилым домом.

Обслуживающий персонал маяка комплектовался в первой половине XIX в. из пяти-восьми человек (включая и наблюдателей-метеорологов). Как правило, смотрители назначались из числа унтер-офицеров ластовых экипажей флота, нёсших службу на берегу.

Работы по строительству маячного городка до начала Крымской войны (1853 г.) закончить не удалось. Война помешала намеченной российскими властями модернизации черноморских маяков. В начале 50-х годов во Франции были заказаны новейшие по тем временам осветительные системы, но в связи с военным противостоянием с Парижем данный контракт остался не реализован.

Другим российским административно-территориальным образованием, причастным к освоению острова было Измаильское градоначальство.

Оно возникло в 1830 г. и включало в себя кроме основного населённого пункта придунайские города Рени, Килия, а также ряд сёл, в том числе наиболее близкое к острову бессарабское Вилково (поселение русских старообрядцев).

Градоначальство находилось в непосредственном подчинении Новороссийского и Бессарабского генерал-губернатора, которым в тот период являлся широко известный Михаил Воронцов.

Решение о создании этой административной единицы было принято императором Николаем I по итогам посещения Подунавья в ходе русско-турецкой войны 1828 — 1829 годов. Монарх лично убедился в большой стратегической значимости региона, за который Османская империя в своё время держалась всеми силами.

Градоначальник контролировал деятельность пограничных, таможенных, полицейских учреждений, органов местного самоуправления, надзирал за состоянием портовых, крепостных и общественных сооружений, наблюдал за исправностью мостов и переправ, контролировал сбор налогов. В подчинении градоначальника находились коменданты крепостей. Помимо военно-административных дел градоначальник отвечал за состояние торговли, промышленности и ремёсел.

Первым (и единственным) градоначальником Измаила стал основатель этого города (нынешний город Измаил не следует путать с османской крепостью Измаил) генерал Сергей Тучков. В начале 1836 г. он ушёл в отставку и по его же предложению полномочия главы Измаильского градоначальника были переданы Бессарабскому военному губернатору Павлу Фёдорову.

Этот чиновник внёс большой вклад в развитие всего Днестровско-Дунайского региона. Достаточно сказать, что знаменитая триумфальная арка — символ современного Кишинёва построена преимущественно на личные средства Фёдорова.

Несмотря на большую занятость в Кишинёве и Одессе (несколько раз Фёдоров исполнял обязанности генерал-губернатора) он часто бывал в дунайских городах, уделял много внимания налаживанию коммерческого судоходства в этом регионе.

Благодаря его усилиям в 1846 г. стала функционировать пароходная линия, связавшая Одессу через Измаил и Рени с городом — портом Галац. Быстро росла российская торговля по Дунаю.

В подчинении Фёдорова находился, в том числе, карантинный пост на Змеином. Служащие этого подразделения по поручению губернатора в течении нескольких лет вели археологические раскопки на острове.

В 1841 г. на острове также работала археологическая экспедиция Одесского императорского общества истории и древностей. В результате всех этих работ были найдены надписи и сосуды с посвящением Ахиллу, керамика, фрагменты сосудов с граффити, значительное число древних монет.

Однако детально исследовать остатки фундамента древнегреческого святилища археологам не удалось. При постройке маяка он был разобран, а мраморные детали (капители, базы, барабаны, каннелированных колонн, карнизы) были вывезены с острова и затерялись.

С точки зрения археологии утрата остатков Ахиллова святилища стала большой потерей. Тем не менее, в том, что в основу российского маяка положены античные строительные материалы, есть большой символизм. Ведь именно Российская империя во времена Екатерины II и Александра I стала новой родиной для многих эллинов. «Греческий проект» был значимым фактором как международной, так и внутренней политики Петербурга.

Забегая вперёд заметим, что маяк на Змеином переживал серьёзные разрушения во время Крымской и двух мировых войн, но всякий раз восстанавливался.

Заключительный эпизод с российским господством на Змеином в XIX в. произошёл летом 1856 г.

Парижский трактат, заключённый в марте того же года, прямо не регулировал статус этого острова. Его условия говорили лишь об оставлении Россией устья Дуная и придунайской части Бессарабии. Используя этот аргумент российское правительство направило военное судно для восстановления контроля над Змеиным, который во время военного противостояния был занят англичанами и французами.

Однако на острове уже находилась турецкая команда. Лондон тогда решительно вступился за своих османских партнёров и даже отрядил эскадру в Чёрное море, для демонстрации решимости недопустить русских на клочок суши у дельты Дуная. Этот демарш определялся тем, что Великобритания вместе с Францией тогда обретала доминирующую роль на великой европейской реке и не хотела иметь какого-то противовеса в Подунавье.

Император Александр II вынужден был уступить.

В 1878 г. после новой перекройки границ в регионе Змеиный перешёл от Турции к Румынии. Правда, во время Первой мировой войны там располагался совместный румынско-русский гарнизон. В 1944 г. моряки — черноморцы освободили Змеиный и вновь стали полновластными хозяевами на нём.

В ходе послевоенного переустройства Европы Бухарест официально уступил остров Москве. На момент распада СССР остров Змеиный входил в зону ответственности Одесского Краснознамённого пограничного отряда Западного пограничного округа. В конце 1991 г. этот отряд перешёл под юрисдикцию Украины, а вместе с ним и стратегически значимый остров в северо-западной части Чёрного моря.

В ходе специальной военной операции на Украине остров вновь перешёл под контроль России.